گروه رافا در راستای ایجاد سازمان شفاف و هدفمند برای دستیابی به منابع و استفاده ساختاریافته از آن، با نگاه فرآیند گرایی و با استفاده از تجربیات مدل‌های فرآیندی مانند APQC، پورتر و ISO، اقدام به تدوین فرآیندهای خود در سه‌طبقه مدیریتی، اصلی و پشتیبانی نمود. واحدهای سازمانی مرتبط با فرآیندهای پشتیبانی شامل منابع انسانی و ایمنی و بهداشت، فنی، کیفیت و مهندسی، طرح و برنامه و سیستم‌های راهبردی و برنامه‌ریزی در سطح گروه رافا و شرکت‌های تابعه می‌باشد.