گروه رافا در راستای ایجاد سازمان شفاف و هدفمند برای دستیابی به منابع و استفاده ساختاریافته از آن، با نگاه فرآیند گرایی و با استفاده از تجربیات مدل‌های فرآیندی مانند APQC، پورتر و ISO، اقدام به تدوین فرآیندهای خود در سه‌طبقه مدیریتی، اصلی و پشتیبانی نمود. واحدهای سازمانی مرتبط با فرآیندهای اصلی شامل هیئت‌مدیره، مدیرعامل، قائم‌مقام مدیرعامل، طرح و برنامه و سیستم‌های راهبردی، بودجه و اقتصادی، مالی، بازاریابی و فروش، ارتباط با مشتریان، انبار، خرید، منابع انسانی، فناوری اطلاعات، فنی، کیفیت، ایمنی و بهداشت، برنامه‌ریزی و مهندسی در سطح گروه رافا و شرکت‌های تابعه می‌باشد.